大明王朝覆亡后，明朝宗室以抗清复明为号召，自崇祯十七年（1644年）至顺治十八年（1661年），在南方各地建立了弘光政权、隆武政权、鲁监国政权、绍武政权和永历政权，前后历时十八年，因为沿用大明国号且活动地域主要在南方，故而史称南明。
在鲁监国政权中，慈溪地域的前明朝臣孙嘉绩、沈宸荃、熊汝霖和冯元飂成为朝廷的核心成员，在慈溪地域乃至于浙东地区的反清复明运动中起到了领导作用。鲁监国政权被迫驻跸舟山期间，慈溪人王翊、王江和冯京第建立抗清山寨的四明山区，成为浙东抗清武装活动的中心区域。
一、鲁监国政权核心：孙嘉绩、熊汝霖、沈宸荃、冯元飂
1992年版《慈溪县志》记载：“顺治二年（1645年）闰六月，县人沈宸荃、熊汝霖、孙嘉绩起兵抗清。”沈宸荃（1615—1652），字友荪，号彤庵，慈溪师桥昭十三房人，崇祯十三年（1640年）进士。熊汝霖（？—1648），字雨殷，余姚孝义乡熊家村（今慈溪市周巷镇熊家村）人，崇祯四年（1631年）进士。孙嘉绩（1604—1646），原名光弼，字硕肤，余姚孙家境（今属于慈溪市）人，崇祯十年（1637年）进士。
孙嘉绩领导的余姚县起义，揭开了浙东地区反清复明运动的序幕。
南明弘光政权覆亡后，清军继续南下，余姚知县王曰俞弃官逃亡，训导王元如自署县事，准备投降清廷。孙嘉绩毁家纾难，招募乡勇数千人，和熊汝霖一起率健勇突入余姚县署，擒斩了王元如。然后，孙嘉绩整顿乡勇，编成义军，“军分两营，邀同县熊汝霖主右军，自主左军，并遣使广告会稽、鄞县”。
沈宸荃和冯元飂在慈溪县同时起兵抗清。冯元飂（1613—1645），字沛祖，号眉仙，慈溪城东（今宁波市江北区慈城镇）人，崇祯十六年（1643年）进士。
此外，章正宸、郑遵谦在绍兴斩杀降清官吏，宁绍台道于颍招募二千士兵响应；钱肃乐和董志宁在鄞县起兵；慈溪知县王玉藻、定海知县朱懋华、奉化知县顾之俊、鄞县知县袁州佐、象山知县姜圻召募义兵反清。弘光政权镇南将军方国安率一万军士至钱塘江东岸，和定海总兵王之仁部组成浙东抗清的军事主力。
顺治二年（1645年）闰六月，鲁王朱以海被浙东各路抗清义军恭迎至绍兴，拥立为监国，建立以浙东为中心区域的鲁监国政权。显然，鲁监国政权是靠孙嘉绩、熊汝霖、沈宸荃、冯元飂、钱肃乐、章正宸等具有民族正气的前明官绅，以及百姓支持下建立起来的。
慈溪地域由此归属鲁监国政权。孙嘉绩、熊汝霖、沈宸荃、冯元飂等慈溪地域的前明官员成为鲁监国政权的核心成员。
孙嘉绩任兵部侍郎兼右佥都御史，旋即晋升兵部尚书兼东阁大学士，总视义师；熊汝霖升佥都御史，督师江防；沈宸荃擢右佥都御史督师，继而升为兵部左侍郎兼副都御史；冯元飂授太仆少卿，晋升右佥都御史。
鲁监国政权建立后面临三件紧要事务。
首先，阻止清兵继续南下，并在适当的时机进行反击，以收复失地，恢复大明。
其次，整顿鲁监国政权的军事力量，提高军队战斗力。
鲁监国政权军队分为两种，即正兵和义兵。方国安、王之仁部队和浙东原有营兵、卫军统一编制为正兵，驻守金华、富阳、桐庐等地，为鲁监国政权所倚重，粮饷充足，但纪律松懈，常常“饱嬉江头”。孙嘉绩、熊汝霖、沈宸荃等人临时召募的军队称为义兵，在装备、军饷和军事训练上皆处劣势，常常缺饷乏粮。“寻定分地分饷之议，以国安兵最多，之仁次之，乃以为正兵，取宁波、绍兴、台州三郡田赋以给；而义兵取富室之乐输者，谓之‘义饷’。未几，正兵并取义饷，而肃乐等军恒缺食。”（夏燮《明通鉴》，中华书局1959年版）。义兵的粮饷只能依靠乐意纳输的富户提供，往往得不到保证，面临严峻的缺粮问题，竟至于乞食于途。
尽管如此，支撑鲁监国政权局面最坚定的力量依然是义军。孙嘉绩毁家解决粮饷短缺，他说：“身体是先人留给我的，就应该与国家共存亡。怕只怕举事不成，死后无颜面对君亲！”孙嘉绩部将章钦臣善于制作火器，所部号称火攻营，是鲁监国政权西征时的精锐部队。孙嘉绩与熊汝霖率领义兵驻兵瓜里，协防江岸，每次作战都是熊汝霖当先、孙嘉绩殿后，人称“孙熊兵”，具有较强的战斗力。“孙熊兵”曾渡过钱塘江与清军作战，在与清军将领瑚密色和骑都尉色赫的交战中，“（熊）汝霖兵殊死战，瑚密色中枪战死。”清军溃败。
为进一步加强鲁监国政权的军事力量，熊汝霖到海宁等地招募兵员。1992年版《慈溪县志》记载：“督师江防，屡战不胜。汝霖认为‘江面迎攻甚难，不如间道入内地为攻心策’，遂率千人至海宁，招募兵员，万人响应，号称‘熊军’。”成为鲁监国政权中的一支生力军。
再次，处理和南明隆武政权的关系。
在鲁王朱以海被拥立为监国之前，唐王朱聿键在福州称帝，改元隆武，史称隆武帝。于是，在时局混乱、消息不同的状况下，出现了两个南明政权。隆武帝遂遣使携十万赏银前往绍兴颁诏，希望鲁监国退位归藩，统一抗清力量，并许诺鲁监国政权的朝臣可以到隆武朝廷中担任同等官职。
鲁监国政权中就是否奉隆武政权为正统展开了激烈辩论。熊汝霖坚决反对接受隆武帝的诏书，他说：“主上原无利天下之意，唐藩亦无坐登大宝之理。有功者王，定论不磨。若我兵能复杭城，便是中兴一半根脚，此时主上早正大号，已是有名。较之闽中乘时拥戴，奄有闽越者，规局更难倒论，千秋万世，公道犹存。若其不能，而使闽兵克复武林，直趋建业，功之所在，谁当与争？此时方议迎诏，亦未为晚。”（徐芳烈《浙东纪略》）。于是，在回复隆武帝的信中，鲁监国称隆武帝为“皇叔父”而不称“陛下”，明确表示不承认隆武政权。
顺治三年（1646年），清军越过钱塘江，进击包括慈溪地域在内的宁绍地区，鲁监国被迫离开绍兴，渡海前往舟山。孙嘉绩追寻鲁监国到舟山，劳累忧愤交集，因病辞世。1992年版《慈溪县志》记载：“（孙）嘉绩从乔司急回绍兴，航海至舟山追寻鲁王，疽发于背，于阴历七月二十四日死于舟山。赠太保，赐祭九坛，谥忠襄。”
不久，清军进入福建，隆武政权覆亡。鲁监国进驻福建长垣，重建政权，封郑彩为建国公，张名振为定西侯，“加东阁大学士熊汝霖太子太傅，司票拟。”（李聿求《鲁之春秋》）。熊汝霖成为鲁监国政权的内阁首辅大臣，随从鲁监国左右，协助处理军国事务。东阁大学士沈宸荃晋升为工部尚书加太子太保，参与军事调度和指挥。鲁监国军队收复建宁、建阳、崇安、松溪、政和、寿宁、连江、长乐、永福、闽清、罗源、宁德、福安、福宁等地区，控制了福建东北三府一州二十七县，省会福州成了孤城。
正当福建抗清形势高涨之际，熊汝霖却遇害辞世。1992年版《慈溪县志》记载：“顺治五年（1648年）正月，鲁王驻闽安镇，郑彩擅权，骄悍不法。汝霖屡次仗义执言，郑彩恨之入骨。元夕，汝霖离闽安镇至琅琦，郑彩乘机派党羽百余人赶到琅琦。十七日夜，汝霖及其幼子被彩党缚，当晚被投入海中，惨遭杀害。”鲁监国获知熊汝霖被害后，哀痛不已，下诏罢朝五天，他怒斥郑彩道：“杀忠臣以断股肱，生何益耶！”
顺治四年（1647年），清军主力南下福建，在浙闽总督陈锦的配合下大举进攻，鲁监国政权因为郑彩排斥异己，已经无法团结抗敌，致使收复的府县重新落入清军之手。
顺治六年（1649年），鲁监国移驻舟山，重新整顿朝政，沈宸荃被谕命为东阁大学士兼兵部尚书。沈宸荃为了加强防务，在舟山修筑城楼和坚固的军事工事，将舟师布置在东南水门外，以确保舟山城防安然无恙。“鲁王朱以海曾在鲁监国四年（永历三年，顺治六年，公元1649年）到鲁监国六年（永历五年，顺治八年，公元1651年）全力经营舟山的抗清基地，在鲁王的治理之下，舟山百姓安居乐业、丰衣足食。然而当清军攻人舟山后却大肆屠城、滥杀无辜，使得原本繁华富庶的舟山几乎被夷为平地。”（龚剑锋、孙健：《浙闽沿海南明鲁王政权的失败原因和存在意义》）
而随同鲁监国来到舟山的冯元飂却遇难于舟山群岛。
鲁监国由福建初入舟山时，原隆武政权的肃虏伯黄斌卿拒不接纳鲁监国及其朝臣，鲁监国政权内阁阁员荆本彻由淞江抵达舟山，其子荆元相欲袭击黄斌卿，结果兵败被杀。同为鲁监国政权内阁阁员的冯元飂，“以和解，误为闽兵所杀。”（汪光复《航海遗闻》）
顺治八年（1651年），清军攻入舟山城内，沈宸荃水师顽强抵抗，终因寡不敌众，败走海上，跟随鲁监国来到厦门。不久，沈宸荃随鲁监国移居金门。顺治九年（1652年），沈宸荃在南日山附近遭遇飓风袭击而辞世，年仅三十八岁。鲁监国闻知噩耗，极为悲伤，下谕谥号为节愍。
二、鲁监国政权外围：王翊、冯京第、王江
顺治六年（1649年）至顺治八年（1651年），即鲁监国政权经营舟山抗清基地期间，鲁监国接受沈宸荃等朝臣的建议，改变抗清战略，将重点放在经略浙江上。鲁监国政权联络四明山寨的王翊、王江、冯京第等义师，同时遣使前往日本寻求援助，使舟山群岛以及横跨慈溪、余姚、鄞州、奉化、嵊州、上虞等县囊括整个慈溪地域的四明山区，成为浙东抗清武装斗争的中心区域。
王翊（1615—1651），字完勋，号笃庵，慈溪县人，早年“好言兵，见天下方多难，思以功名自见。”鲁监国驻跸绍兴时，王翊和好友王江（？—1655，字长升，慈溪县人）组织义军归附，授兵部职方主事。鲁监国政权撤离绍兴移驻舟山时，王翊和王江回到慈溪地域招募民兵，继续坚持抗清斗争。
顺治四年（1647年），王翊和王江率部进入四明山区。王翊治军严明，能立纪纲，不骚扰山民百姓，并亲自安抚山中父老：“前此以诸将横扰，居民遂至激变，今吾军来，足为是山之卫，而无所扰。父老念故国，其许我乎？”王翊遂在形势险要的大兰山上安营扎寨，自称大兰洞主，山民纷纷加入王翊队伍。冯京第率部来到四明山，与王翊会师，屯军土岙，军势日益壮大，“蔓延于四明八百里之内”。
冯京第（？—1654），字跻仲，号簟溪，慈溪城东（今宁波市江北区慈城镇）人，世人尊称为“簟溪先生”，明末复社名士，冯元飏从子。弘光政权覆亡后，冯京第归附福建隆武政权，授监军御史。隆武政权覆亡后，在湖州（今浙江吴兴）起兵，旋即进入四明山与王翊合军。1992年版《慈溪县志》记载：“清顺治五年（1648年），（冯京第）与黄孝卿乞师日本，未遂。次年与黄宗羲再乞师于日本，至长埼不得请而还。”关于冯京第乞师日本，清人朱溶所著《忠义录》的记载更为详细：冯京第到达日本后，向日方乞师，在江户幕府将军德川家光府邸哭庭十四日，日夜不绝。德川家光就此事告知父亲德川秀忠，德川秀忠认为：明朝初年，胡惟庸谋反，明廷指责日本参与此事？诬我太甚。现在明朝灭亡了，日本又何必越过大海去兴兵戎之事。德川家光以此言告冯京第，冯京第无奈，只得返回中国。
顺治五年（1648年），王翊率部自四明山直入上虞，攻入上虞县城，杀死清廷任命的上虞摄令，整个浙东震动。清廷集中在浙兵力，全力打击王翊、王江和冯京第驻扎的四明山抗清山寨。浙江提督田雄在四明山附近的团练配合下，派兵越过清贤岭，突破杜岙关，偷袭山寨。义军猝不及防，伤亡四百多人，冯京第潜逃避居民舍，王翊率余部败走天台。王翊认为此次山寨失守是团练之罪：“北兵虽健，吾视其锐则避之、懈则击之，非团练为之乡导，彼敢行险地如枕席乎？然北兵团练岂能相守？吾卒虽残，其破团练尚有余力。”于是，王翊回师杜岙，沿途招募士兵达万人，大破清军团练，收复四明山抗清山寨。
王翊极具军事才能和管理才能，为巩固四明山抗清山寨，采取了许多切实有效的措施。譬如，设立五营五司制度：五营主军，王翊亲自统领，五司主饷，由王江负责。实行“且耕且屯”“履亩而税”制度，在不增加四明山区百姓负担的情况下，解决了义军的军需供给问题。“四明四百八十峰之民，其租赋不之官而之公，其讼狱不之官而之公，其耳目消息皆不之官而之公，浙东列城昼闭，胥吏不复下乡，汛兵远伏，以相眺望，而不复近山。”（黄宗羲《梨洲遗著汇刊》之《四明山寨记》）
顺治六年（1649年），王翊率军大败清军，再占上虞县城，进军奉化。鲁监国派遣使臣巡视四明山，授王翊为河南道御史。黄宗羲认为授官太低，上疏鲁监国：“诸营文则自称都御史、侍郎，武则自称将军、都督，未有三品以下者。主上嘉其慕义，亦遂因而命之。惟王翊不自张大，仅授御史。御史在承平时固为显要，而非所论于今日。诸营小或不及千人，大亦不过王翊一部。今品级悬殊，以之相临，恐为未便。”于是，鲁监国在健跳所（今浙江三门县东南）接见王翊时，授其右佥副都御史，次年授兵部右侍郎，冯京第晋升兵部侍郎。顺治七年（1650年），王翊对冯京第说：“与我犄角惟舟山，我灭则舟山无援，而舟山危，我亦无救。”为保证舟山鲁监国政权的供给与安全，王翊同台州俞国望部、绍兴陈天枢部相配合，率军攻破新昌和浒山，截断了宁波府和绍兴府之间清军的联系。
为了彻底消灭鲁监国政权，清廷决定先捣四明山、再取舟山岛。顺治八年（1651年），清军兵分两路会攻四明山，“军帐弥漫三十里，游骑四出，仍用团练为向导。”王翊、王江和冯京第指挥义军扼守关隘顽强抵抗，多次打退清军的进攻，终因寡不敌众，被迫撤往舟山。清军继之攻打舟山。王翊奏告鲁监国：“事急矣，请复入山，集散亡以为援。”不料，欲前往奉化招兵以重整队伍的王翊，在北溪被清军团练俘获。
浙闽总督陈锦亲自劝降王翊，王翊大义凛然道：“毋多言，成败利钝，天也，汝又何知！”并高歌绝命诗一首：“谈笑且从容，今朝得死所。一腔忠愤血，飞洒若红雨。”慨然就义，时年三十六岁。王翊牺牲后，头颅被清廷挂在宁波府城的西关门上以威胁抗清兵民。王翊友人于深夜偷偷地将其取下，藏匿家中。
冯京第继续尊奉鲁监国政权，坚持抗清。1992年版《慈溪县志》记载“顺治十一年被叛将杀于舟山”。当时清军袭击舟山，正患重病的冯京第藏匿于大岚颧顶山，被部将王升出卖而被俘，遂慷慨就义。王升卖主求荣，未得善终，最终被清兵杀死。后人将冯京第的一只手臂、王翊的头颅和董志宁的尸体，合葬于今宁波江北区翠柏路北段三忠巷一带马公桥旁，称三忠墓，二十世纪末迁至慈城大宝山。
王江在王翊牺牲后，曾一度削发为僧以作掩护，不久参加抗清名将张名振的部队，继续抗清。1992年版《慈溪县志》记载：“清顺治十一年（1654年），与张名振引师入长江，又与沈倜伦聚众四明山，屡仆屡起。不久在与清军作战中，中流矢阵亡。人谓‘忠孝义烈智勇，无不俱备’。”
顺治八年（1651年），失去舟山抗清基地的鲁监国赴厦门依靠郑成功。次年，鲁王自去监国称号。康熙元年（1662年），鲁王在金门病逝。
随着鲁监国政权的覆亡，慈溪地域的反清复明运动逐渐沉寂，仅有零星的抗清斗争，已不成气候。
总而言之，慈溪地域在鲁监国政权期间的反清复明运动，自弘光元年（1645年）至鲁监国六年（1651年），共长达七年。虽然有某些历史学家全面否定南明政权的抗清斗争，认为其目的是为了恢复腐朽的前明王朝，维护汉族官僚地主的阶级利益。但是，需要看到的是，南明政权的抗清活动有着反抗“清初六大弊政”的积极意义。至于包括慈溪地域在内的江南人民的抗清斗争，更是不容否定。正是他们的坚决斗争，使清廷看到了汉族人民的伟大力量，不得不改变统治方式，调整政治政策，努力缓和民族矛盾，调整阶级关系，积极恢复和发展生产，为康乾盛世的出现奠定了坚实的社会基础。